Fundada en 1947 por Alberto Motta Cardoze, la «Compañía Panameña de Aviación» comenzó desempeñándose en el mercado doméstico, con vuelos disponibles a tres ciudades del país.
Esto, hasta los años 70´s, cuando se decide dar un paso más allá, y comenzar a operar vuelos hacia el exterior, lo cual les permitió adquirir cada vez más aviones y de mejor calidad para continuar prestando servicios internacionalmente.
Es así, como una década más tarde, se añaden Cartagena, Miami, Puerto Príncipe, Santo Domingo y San Juan, a la lista de destinos disponibles. Pero no es hasta 1992, cuando se marcaría un antes y un después para la empresa, con la apertura del «Hub de las Américas» en Ciudad de Panamá; que fungiría como su centro de conexiones principal.
Y le permitiría agregar nuevos destinos, como Caracas, Bogotá, Buenos Aires, Cali, Ciudad de México, Guayaquil, La Habana, Lima, Santiago de Chile y Quito.
Siendo debido a todos sus logros y las constantes inversiones para mejorar la calidad de viaje de los pasajeros, que en el año 1998, Copa Airlines firma una alianza con Continental Airlines, adoptando con ello el programa de viajero frecuente OnePass.
Posteriormente amplía su red de conexiones a Cancún, Córdoba, Guadalajara, Los Ángeles, Manaos, Maracaibo, Montevideo, Orlando, Punta Cana, Río de Janeiro, San Pedro Sula, Sao Paulo y Washington-Dulles.
Además de Aruba, Bogotá, Boston, Brasilia, Cúcuta, Chicago, México DF, Montego Bay, Monterrey, Nueva York, Tegucigalpa, Toronto, entre otros que le seguirían.
Hoy en día la empresa dispone de vuelos hacia 80 destinos diferentes, en 33 países y se ha convertido en la aerolínea más importante de Centroamérica.
Esto, gracias a sus constantes inversiones e innovadoras acciones, como el lanzamiento de su propio sitio móvil, para obtener información sobre los vuelos, registrarse y obtener el pase de abordaje.